ほとんどのパッケージソフトウェアには、予め用意されたカスタマイズ機能があります。任意に使用できるテキストフィールドを追加したり、表示項目や表示順を変更したり、汎用的なフレキシビリティーが持たされているのが一般的です。 ただし、あくまでも汎用的なビジネスを想定したものであり、フレキシビリティも限定されたものではあるため、ユニークなビジネスモデルや業務フローを持つビジネスには、完全に業務がフィットするということはまずありません。 「業務をシステムに合わせる」というある程度の妥協を強いられることがあります。

パッケージソフトは、下図のように本来複雑に絡み合っている業務も、ある程度標準化して汎用性をもたせたものになります。

最初から既に出来上がっているものなので、出来上がりが簡単に確認できます。また不特定多数の企業に導入されており、導入をサポートする業者に必要とされるスキルも、ある程度限定されるので、業者のスキルにそれほど影響されず、大きく外れたものにはなり難くなることが期待できます。

なお誰でも手に入り、汎用化されたものなので、競合他社との差別化にはなり難いという側面もあります。

パッケージソフトに用意された機能だけで運用していく分は、一般にカスタムシステムよりは、安く導入できます。ただし、追加のカスタマイズを業者に依頼しなければならないようなケースでは、最終的な費用的には、カスタムシステムと大差がなくなってくるケースもあります。

ライセンス形態としては、ユーザー数に比例した課金をするケースが多く、大量のユーザーがいる場合に、かなり割高になってしまうケースもあります。

スクラッチからシステムを構築しているため、理論上、技術的にはどんなカスタマイズも可能です。ただし制限がなく自由度がある分、逆に出来上がりのシステムクオリティは、開発者のスキルに大きく依存します。なので正確には、業務を正しく把握し、その企業に最適なシステムロジックで設計ができていれば、痒いところにも手が届く、「業務にシステムを合わせた」、理想のシステムにすることも可能です。

カスタムシステムは、下図のように本来複雑に絡み合った業務を、できるだけ忠実に再現したものになります。

その企業専用に開発されるため、様々な独自性がシステムにも反映でき、独自の運用ロジックやルーチンなど、内容によっては差別化にもつながり、企業の競争力を向上させることも可能になります。 価格や取扱商品以外の要素で他社と差別化が図れるか否かは、業界によっては企業の競争力を養う上で非常に大きな意味を持ちます。逆に本来システムのなせる業として、競争力を高めるという大きな役割があるので、この部分は決して軽視すべきではありません。

何も無い所から始めることもあり、完成するまで、来上がりがクライアント側にはイメージし難いのが一般的です。また業者のスキルがクオリティへ直接大きく影響するので、業者選びを間違えると、運用にすら乗らないという事態にもなりかねません。

単純にパッケージソフトと比較すれば、一般的には高くなります。

ライセンス形態が、ユーザー数毎の課金ではない場合、大量のユーザー数がいる場合に、パッケージよりも割安になることがあります。またユーザーが増える度に、費用が発生するというようなこともありません。